高Lvの敵忍者はレアな武器を投げるという話で、
Lvによって投げる物が変わるようなのですが、

戦闘中にLvが上がった場合、投げる物は変化するのでしょうか？
(例：Lv95セイブザクイーン→Lv96エクスカリバー)

知っている方いましたら教えてください

仰る通り、変わります。

当然、投げる武器の種類の優先度も変わります。